Храм являетсячастью историко-культурного комплекса Абаата. Храм покрова Божьей матери в крепости Абаата возвели в VI-VIII веках, позже он был освящен во имя Святого Ипатия. В 1902 году храм святого Ипатия реставрировали, его свод был перестроен. Последняя реставрация храма состоялась летом 2007 года, была воссоздана внутренняя обстановка, установлен новый иконостас, проведено освещение.