Построен в Пицунде первоначально в IV веке и в последующем перестроенный в VI веке и в начале X века, во времена расцвета Абхазского царства. Ранее здесь, на территории римской крепости был построен древнехристианский храм-базилика, в котором служил епископ Стратофил, участвовавший во Вселенском Никейском соборе 325 года. В конце V — начале VI века пол этого храма площадью в 60 квадратных метров был украшен богатейшей мозаикой, являющейся шедевром древнего искусства, имеющим мировое значение. Сейчас фрагменты мозаичного пола находится в музее, рядом с собором. Орган Пицундского храма появился в церкви в 1975 году, создан немецкими мастерами. Сейчас в храме проводятся концерты органной музыки.